Ograniczone funkcjonalnie ale proste w obsłudze i bezpłatne graficzne narzędzie dedykowane dla administratorów i deweloperów, służące do zarządzania serwerem baz danych MySQL w wersjach od 3.23 do najnowszej. EMS SQL Manager for MySQL Freeware (funkcjonujący wcześniej pod nazwą EMS SQL Manager Lite for MySQL) udostępnia pełną funkcjonalność do zarządzania bazą danych, obsługuje dane UTF8, posiada zaawansowane narzędzia do zarządzania zabezpieczeniami. Dostępny jest także edytor SQL, a program może łączyć się z serwerem przez HTTP lub SSH.
Dostępna jest także płatna wersja tego narzędzia o nazwie EMS SQL Manager 2007 for MySQL, oferująca dodatkowo m.in. rozbudowane opcje przetwarzania danych, edytor Visual Database Designer, rozmaite opcje eksportu danych oraz łatwe w użyciu kreatory do podstawowych zadań backupu i optymalizacji baz.